국고금 실시간 전자이체란 정부가 지급할 국고금이 실시간으로 각 채권자의 예금계좌로 바로 입금되게 하는 것을 말한다. 동 전자이체 제도는 정부의 국가재정정보시스템 (NAFIS)과 한국은행 및 금융기관의 전산시스템을 연결해 2003년 1월부터 시행되었다. 이렇게 됨으로써 일반 국민이나 기업들은 정부에 물품이나 용역을 제공한 후 그 대금으로 국고수표를 받는 대신 자신이 거래하는 금융기관의 계좌로 받기 때문에 예전처럼 정부 또는 지자체를 찾아가 국고수표를 받아 이를 금융기관에 다시 입금하는 수고를 덜게 되었다. 특히 이 시스템이 도입되면서 정부는 별도로 국고수표를 발행할 필요성이 없어 국고금 관리 행정업무의 효율화는 물론 국고수표 인쇄비용도 절감할 수 있게 되었다.